home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00197 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  43 lines
  1. **********************************************************
  2. * Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif signature *
  3. **********************************************************
  4.  
  5. Crystallins are  the dominant structural components of the eye lens. Among the
  6. different type of crystallins, the beta and gamma crystallins form a family of
  7. related  proteins [1,2]. Structurally, beta and gamma crystallins are composed
  8. of two similar domains which, in turn, are each composed of two similar motifs
  9. with the  two domains  connected  by  a  short connecting peptide. Each motif,
  10. which  is about  forty  amino  acid  residues long, is folded in a distinctive
  11. 'Greek key' pattern.
  12.  
  13. Apart from  the different types  of  beta and  gamma crystallins, this  family
  14. also includes the following proteins:
  15.  
  16.  - Two related proteins  from  the  sporulating  bacterium Myxococcus xanthus:
  17.    protein S, a calcium-binding protein  that  forms a major part of the spore
  18.    coat, and a close homolog of protein S.
  19.  - Spherulin 3a from the slime mold  Physarum polycephalum.  Spherulin 3a is a
  20.    development specific  protein  synthesized in  response to various kinds of
  21.    stress leading to encystment and dormancy.  The  sequence  of  Spherulin 3a
  22.    consists of two 'Greek key' motifs [3].
  23.  
  24. The pattern we developed for this family of proteins span positions 3 to 18 of
  25. the Greek-key motif and includes three conserved positions which are important
  26. for the  structural integrity  of the motif.  These are the conserved aromatic
  27. residues in positions 6 and 11 of the motif and the glycine in position 13.
  28.  
  29. -Consensus pattern: [LIVMFYWA]-x-{DEHRKSTP}-[FY]-[DEQHKY]-x(3)-[FY]-x-G-x(4)-
  30.                     [LIVMFCST]
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.    In a
  32.  few cases the pattern will fail to detect one of the four motifs.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 122, but in all these sequences the
  34.  pattern is found only ONCE.
  35. -Last update: April 1990 / Text revised.
  36.  
  37. [ 1] Lubsen N.H., Aarts H.J.M., Schoenmakers J.G.G.
  38.      Prog. Biophys. Mol. Biol. 51:47-76(1988).
  39. [ 2] Wistow G.J., Piatigorsky J.
  40.      Annu. Rev. Biochem. 57:479-504(1988).
  41. [ 3] Wistow G.
  42.      J. Mol. Evol. 30:140-145(1990).
  43.